”ぼくのこと嫌いにならないでください……”
黒岩晶（演：岡田健史）は、15歳。〝恋心〟をいまだ知らない中学3年生。
最近、新担任・末永聖（25歳）（演：有村架純）を目で追ってしまう。
清純な雰囲気で、遠距離中の婚約者がいるとでもいうべき噂。
晶は、聖へのモヤモヤが恋だと気づかずに、
ひっぱたいたり、キスを迫ったり、抱きしめたり…。
聖は彼がアクションを起こすたびに戸惑い、心かき乱されるが、突き放せなくて…。
”じれったい×ときめき”の教師と生徒の禁断のラブストーリー。
【中学聖日記】1話のあらすじと視聴率！
大学卒業後、国語の非常勤講師を経て、片田舎の町・子星平にある子星中学校に赴任した末永聖（有村架純）。子どもの頃からの夢だった教師になり張り切るも、担任となった3年1組の生徒たちには着任早々からかわれたり、教頭の塩谷三千代（夏木マリ）からは服装のことで注意を受けるなど、どこかやる気が空回りしてしまう。
中でも生徒のひとり、黒岩晶（岡田健史）は聖に心ない言葉を浴びせるなど、何を考えているか分からない彼の行動に振り回される聖。
一方、大学時代からの恋人・川合勝太郎（町田啓太）とは遠距離恋愛中で、仕事に追われる勝太郎とはなかなかコミュニケーションが取れない日々が続いていた。
教師としての自信をなくし、恋人との関係にも不安な思いを抱える聖だったが、生徒たちと向き合おうと一生懸命に取り組む。
そんな中、クラスメイトの九重順一郎（若林時英）、岩崎るな（小野莉奈）、白石淳紀（西本まりん）と遊びに出かけた晶がある事件を起こしてしまう。事件のことを知った聖は…
ある事件とは失恋した相手の写真を燃やしていて、火事の騒ぎを起こしたこと。
黒岩晶（岡田健史）が必死に消して無事だった。
病院に駆け付けた末永聖（有村架純）。
生徒の心配より先に親たちに謝っていた。婚約者も来ていた。
晶は、そんな聖に腰掛けなら教師を辞めるように叫んだ。
聖が欠席の晶を家庭訪問すると家出していた。雨の中、ずぶ濡れの晶に傘を差し出す聖。
繭ヶ浜海岸に行こうとしていたらしい。車に乗せて送ろうとするが、車内で漢詩を詠みあう。そして辞めないでと晶が言う…。
晶は聖にキスを迫る。が、電話が鳴り未遂に終わる。晶は逃げてひとりで帰った。
ネットで聖の結婚の噂が広まり、教室の黒板にも描かれた。
聖は「辞めない！」と宣言し、「頼ってもらえる先生にいつかなる！」と宣言した。
翌朝、学校で晶が「好きになっちゃいました！」と聖に告白して…
