数年来にわたり女子高生が連続して失踪する事件に見舞われていた。それも「天秤座生まれの18歳」の少女ばかり。アナザーライダーの仕業とにらんだソウゴ（奥野壮）、ゲイツ（押田岳）、ツクヨミ（大幡しえり）は天ノ川学園へと立ち寄る。
次のターゲットと思われる天秤座生まれの18歳・カリン（杉本愛里）を見つけたソウゴらだったが、そのカリンの前にアナザーフォーゼが現れた！ソウゴとゲイツはジオウ、ライダーゲイツに変身、しかしアナザーフォーゼは姿を消し、カリンもなぜか逃げてしまう。
仮面ライダー部の部室でソウゴらは大杉先生（田中卓志）から、部の顧問から預かったというフォーゼライドウォッチを手にする。事件のカギが2011年にあると気づいたゲイツに従い、ソウゴもフォーゼウォッチを手に2011年のグループへ。
一方、現代ではツクヨミがカリンを発見。救いの手を差し伸べようとするが、乾（半田健人）と雅人（村上幸平）が現れ…!?
アナザーファイズ、「死んだ怪人が蘇って出現」というのがオルフェノクが変身するライダーのファイズっぽくて良い。 #nitiasa #仮面ライダージオウ pic.twitter.com/6lkdjm9NCP
— たけ坊＠レヴュースタァライトはいいぞ (@takebo416) 2018年9月30日
おい見てくれよ…これ手描きだぜ…？https://t.co/BGkVLAIetZ #仮面ライダーゲイツ #仮面ライダージオウ pic.twitter.com/S3YO9xQz2B
— 白梅院鹭水 (@Alfredrabbit) 2018年10月3日
ジオウのアーマータイムって
ウォズくんの「祝え！全ライダーの力を受け継ぎ、時空を超え過去と未来をしろしめす時の王者…その名も仮面ライダージオウ 〇〇アーマー！」まで含めて一つの変身音みたいなところあるよね pic.twitter.com/pV70CbRJxk— ぽんずメロン🍆🔔🍊🍥 (@marine9610) 2018年10月1日
